憶測ですが負けても拍手は内容的に選手の一生懸命さ必死さが伝わって来たからではないでしょうか?
もし中途半端な気の抜けたプレーで負けたのならブーイングになったかもしれません。
その時に何を選手達に伝えたいかは、観客個々が生で試合を観て抱く感情次第だと思われるので、自分のやりたい様に選手を迎えてやれば(拍手でも)いいと思います。
そのお陰かどうかは分かりませんが、何年もJ2に居続けてるのに入場者数は大幅に落ち込む事無く推移しています。
こんなチームが1つあっても良いのではないでしょうか。
人間は怒られた悔しさで伸びるタイプと、誉められて伸びるタイプがあります。
ジェフが「負けても内容次第では拍手で迎える」チームとして有名になれば、後者のタイプの選手達がジェフ入団を希望して集まって来るかもしれませんよ。