調べてみるとwikiで誤解を招く併記をされているのが原因かな？
wikiもその項の最後に、

>また、2014年から原則25人の例外措置として、自クラブの下部育成組織（第3種（U-15・ジュニアユース）、ないしは第2種（U-18・ユース））に3>年以上在籍選手は25（27）人の対象外とした。

と追加されてるけどその少し上に3年限定のルールもそのまま注釈なしで書かれているので(部分的に追加したwikiで起こりがち)