柴崎の不調はシステムを4-4-2に代えてからの気もします。

何がそうさせてるのかよくわかりませんが、
例えばトップ下がいないことでパスコースが2ラインになって読まれやすくなっているとか、ボランチに敵マークが着きやすくなっているとか？
加えて守備負担増とか。

土居が赤崎に代わってシャドー気味になったら活きてきたりしませんかね？

それでも判断スピードはもっと早くできると思いますね。