「1回のお申込につき、いずれか1席種を12枚まで」というのは、1回あたり12席までまとめて申し込めるということです。
ソシオシルバーだと1席120,000円ですから、12席だと1,440,000円の申し込みです。
各1席あたりは、1年のすべてのJ1リーグ、ルヴァン杯、ACLのホームの試合が同じ座席で確保されます。天皇杯は別途買う必要があります。
一昨年はCSも別途買う必要があります。ホームの試合が鹿島以外で開催されるときはケースバイケースです。
ただし、いい座席はすでに結構確保されているので、12席申し込んでもまとまって12席の座席が確保できるかどうかは運次第です。
12枚という制約はたぶん通常のチケットの仕組みの流用によるものだと思うので、13席以上まとまって買いたい場合も、Webからは無理でもファンクラブに電話して相談すれば何とかしてくれると思います。

SOCIOの特典は席単位で付与されるものもあれば、申込み単位で付与されるものもあります。
4席の申し込みだと、チケット等は4枚単位で届きますが、一部の特典は1組しかありませんので、特典重視であればバラバラで申し込んだほうがいいかもしれません。
まあFREAKSが4冊も届いてもという気がしますが。席は現在空いている席から選ぶだけですから申し込みが別でも、若干手間ですが、連続してまとまって取ることもできます。
空き席は経年で、結構虫食い状態だった気がします。新幹線とか飛行機の座席予約の要領で、1-2席であれば、いい席もあるかもしれません。