J1からJ3まで全54クラブが毎試合のように意見書出したとしたら大変ですよ

そうですよ。大変になるのがおかしいんですよ。
その件数を把握して、1件でも少なくする為にはどうするかを考えるのが改善活動な訳で、数が多くて大変なので我慢して下さい、ではいつまでもアマチュアです。
これではVARが解決してくれるなんて甘いと思います。

みんな我慢してるから我慢するのではなく、我慢を無くすためにはリーグ全体としてどうするか、審判はどうするかを考えていく必要があり、意見書はそのきっかけであるのではと思います。