何かしらの日本の査証（ビザ）を既に取得していて、日本への入国履歴か既に存在する人は、外国籍でも入国できるはず。

ビザ持ちでも、入国履歴の無い外国籍者についての取り扱いは不明だけど、「外国人の新規入国の全面停止」の文字面をそのまま読むなら、ビザ持ってても新規入国は出来ないと考えるのが普通。