>支払われた違約金はクラブに入ってはきません。
とすると
そのお金はどこにいくのでしょうか？

違約金＝他と自由に契約できないようにする携帯とかでもある縛りですよね。

違約金を選手の代わりに移籍先のクラブが
移籍金として現所属のクラブに支払うという形ではないしょうか。
選手とクラブ双方同意で契約解除というパターンもありますが。去年の森本とか。