私の勝手な考えですが、4-4-2を使うのは使う選手の関係が大きいと思います。
理由としては
　　1 山瀬をできるだけ前で使いたい
　　2 3-6-1(3-4-2-1)にするなら實藤がいないとイマイチ安定しない
　　3 今のところDFは安定している
と思っています。
ドゥジェをセンターバックで使うというのも考えられますが、それにはまだまだ連携不足で、ゴール前に隙ができるのが怖いというのもあるんじゃないでしょうか。

長々と持論語ってすいません。