どのフォーメーションにしてもメリットとデメリットがあると思います。

３−６−１はたしかに守備に人数をかけれる分守備は安定すると思うけど攻撃に人数が少なくなるのでカウンター中心の攻撃になってしまう。
サイドハーフの選手は相当な運動量が求められるので90分フル出場が難しい。交代枠３つの内左右サイドハーフの交代で２つを使ってしまう。

今のフォーメーションは攻撃時サイドも中央も使えるからバランスがいいんですよ
守備が不安定なのはポジショニングが悪いからではと思ってます。