U23のJ3参加は期間限定だからできたのもあったと思いますよ。
仰られているように赤字運営で他のJ3チームからみても昇降格の無い相手とはやり難い面もあったはず。
参加するならスポンサーも別に付けてセカンドチームにしないと無理ですよ。
そのうえでメリット、デメリットをきとんと精査しないと動けるわけがない。