ライセンスの規程によると書類の虚偽記載は1000万円以下の制裁金だそうです。
過失か故意によって変わってきますが、内部告発などではなく、クラブ側が発覚後調査し、自ら報告し、経理担当が個人の判断と認めている以上会社ぐるみの不正と立証することは困難でしょう。社長（副社長）には監督責任があるので辞任。その上での制裁金処分でしょう。上層部から粉飾の指示があったようなメモでも見つかれば悪質であると認定され、降格処分や勝ち点剥奪なども課されると思いますが、現時点では最大で制裁金が妥当でしょう。
感情に任せて降格処分や勝ち点剥奪を望まれる方も多いでしょうが、組織ぐるみと客観的に認定できないなかで規程以上の制裁を課すと、理由のない不当な制裁となり、リーグ側が訴えられた時に負け、多額の賠償責任が生じます。それが司法です。以上が知人の弁護士の見解です。いずれにせよ第三者機関の調査次第で変わるそうです。