Jリーグにはホームタウンの規定はあるけど、アマチュアリーグにおいては特に規定はないですよ。
ただ、100年構想を打ち出してJリーグを目指していくなら、狭めてしっかり腰を下ろせる地域を見つけないといけませんが(FC大阪とかがそうやってホームタウンを決めた)。
関東なんかに行くと、いわゆる町のサッカースクールに大人チームがくっついているパターンのチームがたくさんありますが、県境を跨いでエリアが広いところも多いです(色々なところから人が通ってるので)。