バス待ちの列は他のチームと比べて少ない方だと思います。長くても10分ほど並べば乗れるでしょう。おぶさパーク行きも岐阜駅行きも大差ありません。
よって、駅前にお泊まりの予定であれば素直に岐阜駅からバスをお勧めします。