すいません、必ずしもじゃないです。
今では移籍金の設定はほとんど自由らしく、各クラブと選手、もしくはクラブ間の話し合いによって決まるみたいです。
ただやっぱり何かの基準が無いと話し合いも前に進まないと思いますので、その選手の年俸が１つの基準になるのではないでしょうか。
言葉足らずで申し訳ありません。