どう呼ぼうか自由だけど、東京を応援する人がF東と呼ぶことはあまり無いかと。他サポはF東と呼んでいる人はいますが。

東京のファンやサポーターなら、「東京」もしくは「FC東京」が一般的かと思います。その人が呼びやすい呼び方でいいと思います。