5000万円は、運営資金です。
恐らく、セカンドチーム単体では赤字になる可能性は高いと思います。クラブ全体としては、問題ないでしょう。

うちのユースはけっこう優秀な方なので、外から選手を獲得するよりは、育成した方がはるかに安上がりになると思うので、経験を積ませる場を与える事を選択したんでしょう。