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その通りです。シドニーは上海と勝ち点並んでも、直接対決の結果で下回るので、３位以下が決定です。

ACLレギュレーションの10.5.2の同勝点の順位決定方法をかいつまんで書くと、

直接対決の勝点、
まだ同じなら直接対決の得失点差、
まだ同じなら直接対決の得点数、
まだ同じなら直接対決のアウェイゴール数、です。

上海対シドニーは最初の３つ同じ、アウェイゴール数3対2で上海が上位。