リーグの見解として、手拍子は応援を扇動することに類するからということみたいですね。
手拍子してたら徐々に声出して歌ったりタオル振ったりしたくなる、というのはわからないでもないです。
それなら拍手も一緒じゃんと言う人もいるかもしれませんが、全く無言無動作で観戦するのも楽しみを減らすだろうと言うことでリーグとして引いたラインが拍手と手拍子の間にあったってとこですかね。