PK取り消しの後の京都ボールで再開した件ですが
あの判定は正しいです

『サッカー競技規則2023/24』にも「ボールがペナルティエリア内にある、もしくはボールが最後に触れられたのがペナルティエリア内という状況でプレーが停止された場合、ボールは同エリア内で守備側チームのゴールキーパーにドロップされる」と明記されている。

つまり、一度PKの笛が吹かれた時点でプレーが終了している。その場合VARでPK取り消しとなれば上記の再開方法が適応されるので、守備側（京都）ドロップボールでの再会は正しい判断です。

今シーズンも同じような判定がいくつか出ています。
名古屋対福岡など