北側は
ホーム自由席で自由席扱いなのに、
南側は
ファミリー席で指定席扱いにしたのはどんな意図があったのだろうか？

ファミリー席の方も値段も変わらないんだし、自由席扱いで良かったのではと感じます。ガンバさんに聞いてみるのもアリかもです。
それとももうその意図発信されてたりしますかね？