固定資産税の関係ではないでしょうか？

土地は管理が万博機構から大阪府に移ってるので、府から土地を借りてる(家で言うなら定期借地権みたいなもの！？)はずですのでこれも固定資産税かからないと思います。

メリットとしては指定管理者にガンバを指定してもらえるメリットはあると思います。
将来的な改修、補修は吹田市がお金だしてくれないので、入場料や広告料などを積み立ててる。みたいな記事を見た気がします。
うろ覚えでスミマセン。