リーグと菓子杯はＪリーグ主催なので、協会主催の天皇杯とウインドウが一緒ということはありえません。

ただ３回戦前に追加登録は認められています。
前所属で出場していなければ大丈夫です。
宇佐美、井手口は大丈夫でしょう。

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ちょっと過去の投稿を見てから質問しましょうね。