天皇杯の開催要項みてみると、もともとこの枠は、ACLで4チームが全部勝ち残った時の為にあるみたいです。
勝ち残りが4チームに満たない場合は、ナビスコとリーグ戦の成績をみて、Jリーグが推薦するらしいです。
そういう意味では、恣意的にできる可能性もゼロではないですね。
でも、今回はリーグ戦の1位と2位が推薦されてるから、妥当な気がします。
長文失礼しました。