多分、今回PKやり直しが認められたのは、あくまで公式結果の上での試合結果が覆るものではないからでしょうな。
今回の場合、90分で試合の決着がついていないので、公式では引き分けです。延長戦・PKはあくまで試合が終わった後にエクストラで行われたものなので、公式試合とは分けて考えるということでやり直しが認められたのでしょう。

逆に、90分中で誤審で得点が認められた(あるいは認められなかった)ことで不利益を被っても、遡ってのやり直しは行われないという判断自体に変わりはないと思います。