アンカーの両脇を突かれる時点で、すでに守備が破綻してると思います。
最近は海外でも代表でもワンボランチのシステムを採用してるチームが本当に増えました。それでもアンカーの両脇がやられまくってるチームは見たことがありません。
空いたスペースは他の中盤の選手が下がってカバーすれば良いだけの話です。そこまで難しく捉える必要も無いかと。
システムの長所と短所をしっかり把握していれば大丈夫なんじゃないですかね。