寄付金はその年に寄付した（特定寄付金）の合計から2千円を引いた額を
（その年の所得の40％が上限）
税金の計算をする際に所得から控除して計算しますよという意味ですよ。
そして寄付金控除は年末調整ではできないので、確定申告が必要です。