出来高というより出場給ですかね。
出来高にしてしまうと無難な判定のみをするようになると思います。
また、審判といえども怪我、病気があるので最低限の基本給がないとなり手がいないと思われます。

とはいえ、Jの担当審判を全て抱えるのはかなり無理がありますよね。
J1、2、3で約２５試合。１試合４人+予備が必要とすると約１２０人は必要です。
120×1000万だと12億。さすがに費用が賄えないかと。

海外リーグってどうなってましたっけ？CLやEUROでは副業の審判が裁いてますよね。