だいたい、予選グループから何チーム決勝ラウンドに行けるかがACLの結果に左右されるとか、独立した大会としてはおかしいでしょう。

どういうメンバーで臨むかはそのクラブ毎のスタンスだから、レギュレーションの公平さとはまた別の話。
18チームじゃなくてJ2も入れた40チームのノックアウト方式とか、いろいろやりようはある。