天皇杯・ナビスコなどの決勝戦は一発勝負なので、中立地帯で行うのが原則です。
決勝戦を開催できる規模のスタジアムで中立的な場所は、Jリーグのどのチームの本拠地でない旧国立競技場しかありませんでした。
だから、ずっと国立競技場で開催されてきたんですよ。

決勝戦の舞台はそれなりの場所にしないと大会の格に傷がつきます。
だから、勝ち上がってきたチームに合わせてスタジアムをおさえるのはリスクが高すぎると思います。
スポンサーがついている訳ですから。