ご承知のように国内には歴史的経緯から、多くの在日(二世・三世…)の方々がいます。
彼らは必ずしも帰化して日本国籍とはなっていませんので国籍的には韓国あるいは北朝鮮になっています。
彼らの多くは日本人同様にそこらに普通にある日本の公立小中学校や、高校・大学を経てJリーガーになっています。
もちろん逸材でこの間に韓国・北朝鮮の代表歴がある選手もいるかもしれませんし、国籍ゆえに日本代表に入れなかった選手もいるとは思いますが、それを除くと多くは学生の間はサッカー選手として日本人と全く同じように扱われてきています。
彼らがJリーガーになる際に人数制限がある外国人として扱うべきかは微妙です(サッカーというより日本社会として彼らの居場所は確保されてしかるべき)。
ただ全く日本人と同じ扱いにしてしまうと、日本代表の強化もJリーグの目的である以上は少しズレてしまうことになると考えることもできます。
このようなバランスから現状になっているのかと思いますよ。