結局まとめると、年間1位、2位はACL確定で、年間4位以下のステージ王者がCS決勝に出ればそのクラブがACL、それ以外だと年間3位がACL出場ってことでいいのかな？

ステージ王者が年間3位より有利なのは、このフォーマットは一貫してるでしょ。
CSのフォーマット見る限りJリーグとしては年間1位＞ステージ王者＞年間2位＞年間3位の順だから、むしろACLに限って年間2位のがステージ王者より優遇されてるのがよくわかんない。

まあ、ようは制度がわかりにくい過ぎるってことなんだろうね。