長いけど、結論が出ました。
「総勝ち点」と「勝点率」が同一チームとならない場合の順位判断基準は、『リーグでの直接対決での対戦成績』となります。


以下、データ。
位 ｸﾗﾌﾞ 勝ち点／試合数／勝利／優勝／6位入賞
1 Rﾏﾄﾞﾘｰ　4202点／2686／1590／33回／77回
2 ﾊﾞﾙｾﾛﾅ　4381点／2686／1524／26回／81回
3 ﾊﾞﾚﾝｼｱ　3296点／2588／1163／6回／50回
4 Aﾏﾄﾞﾘｰ　3276点／2538／1190／10回／54回
5 Aﾋﾞﾙﾊﾞｵ 3243点／2686／1172／8回／48回

位 ｸﾗﾌﾞ　　勝点率／勝率
1 Rﾏﾄﾞﾘｰ　1.56点／59%
2 ﾊﾞﾙｾﾛﾅ　1.63点／57%
3 ﾊﾞﾚﾝｼｱ　1.27点／45%
4 Aﾏﾄﾞﾘｰ　1.29点／47%
5 Aﾋﾞﾙﾊﾞｵ 1.21点／44%

「累計勝ち点数」「優勝回数」「6位までの入賞回数」「勝点率」「勝率」の観点では、1位2位の順位判断基準と、3位4位の判断基準が全く逆で異なる謎。なお表にはないが、「得失点差」で比較しても同様。
何を基準に順位を決定しているか調べたところ、『リーグでの直接対決での対戦成績』であった。

以下、ﾚｱﾙ対ﾊﾞﾙｻ（いわゆるｴﾙ・ｸﾗｼｺ）の成績
◯リーグ戦　　　ﾚｱﾙM 73勝　ﾊﾞﾙｻ 72勝
　旧リーグ戦　　ﾚｱﾙM 0勝　ﾊﾞﾙｻ 2勝
　カップ戦　　　ﾚｱﾙM 12勝　ﾊﾞﾙｻ 16勝
　ﾁｬﾝﾋﾟｵﾝｽﾞﾘｰｸﾞ ﾚｱﾙM 3勝　ﾊﾞﾙｻ 2勝
　ﾌﾟﾚｼｰｽﾞﾝﾏｯﾁ ﾚｱﾙM 8勝　ﾊﾞﾙｻ 4勝
　合計　　　　　ﾚｱﾙM 96勝　ﾊﾞﾙｻ 96勝