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FC今治は1976年、愛媛県越智郡大西町（現：今治市）を拠点とし、大西サッカークラブ（大西SC）として創設されました。

一時は2009年に資金難から愛媛FCのアマチュアチームとなっていまいましたが2012年に愛媛FCから分離・再独立し、クラブ名をFC今治に変更。
2014年には岡田武史氏がオーナーとなり、JFL、J3、J2と駆け上がってきました。