JFLよりJ3の方が格上とは言えないと思いますけど…
Jリーグに参入する為の審査基準としてJFLでの成績が求められているだけで
JFLはアマチュア最高峰のリーグなので、プロ化する意思のないチームがJ3のチームより強くても不思議ではありませんよ

そういう観点からアマチュアリーグトップチームがシードになってるのでは？