拍手とブーイングは試合結果に対して満足か不満かを伝える観客の意志表示だと思います。
でもだいたい当日の試合会場の雰囲気で、
今日は負けもしくは引き分けでもブーイングもんだなという空気がピリピリしてきます。

スタジアムには様々な価値観を持った人が集まりますので、この話に明快な答は無いと思います。
新参者さんが｢選手のやる気が見えたか見えなかったか｣で評価の判断をするのは、それは良い事だとは思います。

個人的に良くないブーイングと考えているのは、
会場の雰囲気に飲まれて感情の赴くままに選手に罵詈雑言を浴びせる事です。
…すいません僕その良くないブーイングを結構やってしまいますorz

新参者さんは考えに筋が通ってるので、その信念を貫けば良いと思いますよ。