《天皇杯規定》
選手登録期限
１〜３回戦　７月２日
４回戦　　　９月２日
準決勝　　１１月１９日
いずれも５人までの追加変更が認められている。また一度でも大会に出場した選手は、同年度中に別のチームから出場することは禁止されている。

上の通りです。
GKに関してはリーグの規定では怪我による特例が認められてるので、天皇杯でも同様の特例措置があると思いますが。