勿論ですが内容に依りますね。
基本的にはチームの内部規定で定められるものですが、それ自体は公にはなりませんし監督や会長の裁定、ご機嫌に委ねられるということも多々ありますね。レアルマドリーなんかは「プライベートで負傷する危険性のある行動をとらない」が規定されているのが知られていて、またこういった規定は大抵のクラブにあると言われています。レアルに於いて スピード違反や牛追い祭りへの参加なんかはクラブからの罰金になります。ベンゼマなんかは罰金歴は多いですね。ただ向こうの場合「社会奉仕活動」なんて抜け道がありますが。
ムトゥなんかは有名な話ですが、コカインの陽性反応が出てチェルシーを解雇になりましたね。クラブイメージを損ねたことに加えて長期の出場停止というのがクラブの逆鱗に触れたという所です。

なにはともあれ基本的にプライベートにおける「危険行為」は罰金の対象であり、それが法律違反となればパフォーマンスも含めてチームは選手に罰金を課します。また、遅刻、欠席等直接的にチームに迷惑をかけた場合も罰金の対象となるのが一般的です。
今回のフィルミーノの件は後者が発生しなかったので、前者のみの適用ですんでいるのではと考えるのが普通ではないでしょうか。
ただ、サコのドーピング問題も「選手の不注意からの損害」には変わらないのにも関わらず特に罰則等は設けていなかった事からすると、身内にはどこまでも緩いクラブだという可能性もありますけどね。