長野市ＨＰより
平成27年度　長野市営南長野運動公園総合運動場総合球技場　使用料金

入場料等を徴収する場合
入場料等の総額に100分の5を乗じて得た額（その額に1,000円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）ただし、その額が31万25,00円に満たないときは、31万2,500円とする。

仮に5000人×2000円とすると、使用料は50万円になります。
5000人いないと採算がというのは損益分岐点のことだと思います。スタジアムだけでなく人件費などの諸費用を含めて計算するのですが経費を抑えて現時点での分岐点でしょう。
ちなみに大会規模が大きくなって警備員が増えたりすると損益分岐点は上がります。