ゴール裏の応援団は別にクラブ公式のものではなく、いわば「勝手に」やっているだけです。もちろんクラブとしても試合を盛り上げてくれる大切な存在ではあるので多少の配慮などはあるとは思いますが。(コールリーダーが嫌なら自分がやれ、というやり取りがあるのはこのためです。サッカーではどこで誰が応援を先導しても問題ではありませんから。ちなみに野球の応援団は許可制をとっているみたいです)
ですので代表戦の場合はJFAが派遣する等はないと思います。それが好きな人たちが各々勝手に応援するだけです。