それだと1回戦参加チームが12チームになってどこかで試合数の差が出るから今回の仕組みは妥当だと思いますよ。

それに1位通過だと別グループの2位とやれるのとセカンドレグホームでやれるっていうアドバンテージがすでにあるじゃないですか。
カップ戦なんだからこれくらいのアドバンテージで十分じゃないですかね。