天皇杯決勝の観戦ルール/マナーには、

7．差別的、侮辱的もしくは公序良俗に反する内容の横断幕・旗の掲出はできません。

としか旗に関しては記載されてないので、大丈夫なんじゃないでしょうか。もし警備の方に注意されたら、指示に従えば大丈夫でしょう。