確かにJリーグ規約にベストメンバー規定はあり、天皇杯もその対象になります。規定に違反した場合は罰則が与えられますが、規定に違反しても天皇杯の場合は罰則が与えられません。
簡単に言ってしまえば、天皇杯の場合はベストメンバー規定があってないようなものということです。
Jリーグ規約42条、41条、40条、42条の補足基準を読めば分かると思います。