ざっくり言えば、天皇杯は格下（言い方があれで申し訳ないですが）の方が開催地を選べます
で、格下なのでアウェー扱いになります

ｴｲﾁttps://www.soccer-king.jp/news/japan/emperorcup/20170619/602364.html
JFAは「天皇杯の試合は、各都道府県サッカー協会主管のもとで運営されている」と記したうえで「サッカー普及の観点から、天皇杯の試合を全国各地で開催することが重要と捉え、3回戦から準々決勝までの試合においては、対戦カードの下位カテゴリーチームが所属する都道府県の会場を優先して開催することとする」と発表した。