MFが降りて3枚になる（ダウンスリー）はボールを保持したビルドアップの時なので基本ラインコントロールはしません。DFラインを高く取ったり、センターバックを開かせる指示は出す場合もあるのでそのイメージですかね？。
守備時、4枚並んだ状態ではサイドバックのほうが全体を見られるのでラインコントロールの指示を出したりします。
降りてきたMFが守備に残っているように見えるのは、ビルドアップ時にボールロストする事が多いのでそうなってしまうのだと思います。