関西にバスで行くなら東京駅のほうが近いですよ。
ただ東京駅で拾って新宿で拾うので結局同じバスですが、、
新宿は下の人が言うとおりバスターミナルができたばかりなので、もしかしたら利用しやすくなってるかもしれません。