どのJリーグチームにも大旗は存在します。もちろんどのチームも試合中に振ったりします。浦和さんなんて相当な本数です(ま、今は振ってないですが)大旗が邪魔…だと思われる方は、どのチームの応援も難しいのでは…。

試合終了間際に皆で立ち上がっての拍手、応援。私がピッチにいる選手だったらとても嬉しいと思います。できる範囲で立って拍手、応援はありかと思います。広報日記にも、ジャンプして応援している姿に評価して下さっていますし。
何度も言いますが、できる範囲で構わないと思います。