まずファウルかどうかの判断ですね。

本多の足は相手の足をかけてはいなさそうです。
あとは解説も言っていたように、ボールに触れずに進路・プレーを阻害したという判断。
恐らく審判もこの点でファウルであるとしたのではと思います。

引っ掛かりに行ってるように見えなくもないですが、、、まぁファウルですね。

本多のもう一方の失点に繋がったパスミスについては批判しましたが、このPKの件についてはどうでしょうね、個人的にはまぁあの場面では割と起こり得るかなーという印象です。仕方ないとは言いませんがw