大まかなルール(？)はありますが、絶対ってことはないと思いますよ。確かにチャントによって、「ここで手拍子」とか「タオル回す」とかはありますね。また同じサポ席でも、真ん中あたりの人たちはほとんどのチャントで手拍子はせずに、拳をつねに上げながら飛び跳ねて応援してますし、端のほうは手拍子が多いみたいです。
私は自分が楽しいと思える応援をすればいいんじゃないかと思います。ただし、周りを不快にするのはタブーです。