No.621284
細かいこと言うと、ポケモンの使用とかそういう権限は基本的に任天堂には無いです。
ポケモンの開発はゲームフリークという会社が行っていて、それを販売してるのは株式会社ポケモン。
任天堂はあくまでポケモンのゲームを提供するハードの一つを作っている会社という位置付けです。
例えば、ロックマンも任天堂では無く、カプコンが持ってるのと同じです。
両社とも任天堂の子会社でもなければ、恐らく資本関係とかも無いので、あくまでJリーグは株式会社ポケモンとのやり取りをしているはずです。