ルールの７条４項に
４、ペナルティーキック
ペナルティーキックを行う、または、再び行う場合、ペナルティーキックが完了するまで、前半、後半は延長される。
となってますので、GKが防いだ時点でペナルティーキックは終了していますから、前半終了となっても問題ないと思われます。